В работе рассматриваются проблемы мониторинга экономической безопасности России и регионов. Обосновывается положение о существенном снижении достоверности оценок уровней экономической безопасности России и российских регионов в условиях экономического кризиса. Указывается на необходимость внесения изменений в методологию экономической безопасности как следствия объективной связи между экономическими процессами и оценкой экономической безопасности. По результатам анализа формулируется постановка задачи по корректировке системы мониторинга экономической безопасности и требования к этой системе.