Статья посвящена анализу современных тенденций в области инициирования и применения финансовых инноваций во взаимодействии банковского и реального секторов экономики, также роли государства в этом процессе. В частности, акцент сделан на роли таких разновидностей финансовых инноваций, как: банковские, регулирующие и глобальные, результаты внедрения которых имеют зачастую противоречивое воздействие на развитие взаимодействия банковского и реального секторов экономики, то стимулируя, то замедляя экономический рост. Установлено, что в современных условиях частых циклических колебаний мировой экономической конъюнктуры ключевую роль в повышении инновационной активности субъектов банковского и реального секторов выполняет государство, которое через разработку и реализацию так называемых регулятивных инноваций способно нивелировать негативное влияние глобальных финансовых инноваций на качество развития взаимодействия секторов. Сделан вывод о том, что оптимизация взаимоотношений между секторами возможна при совмещении инициации и внедрения финансовых и реальных инноваций на стадии экономического роста с помощью активизации регулятивных инноваций. При этом роль государства признана наиболее продуктивной в части согласования интересов секторов и концентрации их инновационных усилий в рамках конкретных стадий экономического цикла.