Организационно-экономический механизм стратегирования в инновационной деятельности национального исследовательского университета имеет процессный, функциональный и прогностический характер. Поскольку речь идет об организационно-экономическом механизме, в статье показано, что методически реализация организационно-экономического механизма инновационного стратегирования базируется на методологии институционального реформирования организации, включающего в себя два направления – институциональную реструктуризацию и институциональную рефункционализацию.