Статья посвящена проблемам использования программно-целевого метода в качестве инструмента государственной поддержки отечественных малых предприятий. Сделан сравнительный анализ реализации программ поддержки малых предприятий в России и за рубежом. Предложен новый механизм разработки и формирования программ поддержки, позволяющий направить государственные средства на решение проблем малых предприятий на местном уровне и отследить реализацию и финансирование программ.