При оценке экономической эффективности инновационных проектов в коммерческом секторе используются практически те же критерии, что и для любого инвестиционного проекта: чистый дисконтированный доход (NPV), внутренняя норма прибыли (IRR) и др. Все эти критерии предполагают наличие фактического экономического эффекта, когда результат внедрения инновационного продукта может быть непосредственно оценен в стоимостной форме. Такой подход является естественным в сфере бизнеса, где результат инновационного процесса представляет собой новый товар или технологический процесс, имеющий своего потенциального покупателя и поставляемый на рынок по четко определенным ценам. Совершенно иная ситуация складывается в некоммерческих секторах инновационной деятельности (образовании, социальной сфере, экологической безопасности) и частично – в научно-техническом секторе. Как правило, здесь результат внедрения имеет внеэкономический характер и не может быть оценен (измерен) в стоимостной форме.