В статье анализируется процесс формирования инновационной траектории становления современной фармацевтики и медицинской промышленности в регионах России на основе кластеризации экономики. На примере конкретных субъектов федерации, в частности Калужской области, показан положительный опыт, особенности и проблемы реализации политики государства по развитию кластеров, влияющих на здоровье и продолжительность жизни граждан.Внесены предложения по приданию процессу разработки новых поколений лекарственных препаратов непрерывного характера для обеспечения реализации политики импортозамещения. Продемонстрировано, что российский научный потенциал в сфере фармацевтики и биомедицины обладает мощной силой притяжения для крупнейших зарубежных компаний. Обоснована идея о том, что выстраивание вектора взаимоотношений с заинтересованными иностранными партнерами, а не формирование психологии «осажденной крепости», будет способствовать решению как внутренних проблем обеспечения лекарственной безопасности, так и стабилизации взаимоотношений на мировой арене.